藏獒最常遇到的胃肠毛病，包括：反胃（Regurgitation ）、慢性呕吐（Chronic Vomiting）以及慢性腹泻（Chronic Diarrhoea ）。
反胃源自食道毛病 犬反胃和呕吐主要是由食道的毛病引致，这些毛病包括食道的运动不足（Hypomotility）、食道内有阻碍物（Obstruction ）、炎症（Inflammation）以及生瘤（Neoplasia ）。而食道的毛病一般可从胸廓的放射照片（Thoracic radiographs）和内窥镜检查（Endoscopy ）得知病情。
慢性呕吐与慢性腹泻 慢性呕吐的成因有以下六类：
（一）食物中毒、食物过敏症等；
（二） 肠道的寄生物；
（三）胃部能动性的毛病；
（四）胃溃疡或胃炎；
（五）胃肠有 阻碍物如有赘瘤形成；
（六）炎症的大肠毛病。
要治疗宠物的慢性呕吐，主人必须注意宠物的饮食和及时带 们去看医生。目前医学畀已掌握了有效的诊断方法，Cisapride 和Erythromycin更是治疗这种毛病的有效药物。
通常导致宠物慢性腹泻离不开下列几种原因：
（一）宠物对食物产生异常反应；
（二）病原体的发作；
（三）寄生物；
（四）肠道细菌过度生长（Small Intestinal Bacterial Overgrowth SIBO）；
（五）炎症的大肠毛病（Inflammatory Bowel Diseases）（IBD ）；
（六）胃肠道的阻碍物；
（七）过敏的大肠综合症 状（Irritable Bowel Syndrome IBS）；
（八）藏獒只外分泌的胰腺不足；
（九）猫只的甲状腺机能亢进等。
治疗慢性腹泻的方法包括：使肠道的细菌生长情况回复正常；控制IBD 减低炎症的机会；恢复肠道的功能，并且确保营养素能够被身体所吸收。
